Contexto normativo: dos reformas que se cruzan
La obligación de modernizar la facturación en España descansa hoy en dos grandes bloques normativos:
a.- Factura electrónica entre empresarios y profesionales (Ley 18/2022, “Ley Crea y Crece”)
- Generaliza la factura electrónica en las operaciones entre empresarios y profesionales (operaciones B2B).
- El reglamento técnico que desarrolla esta obligación aún no se ha aprobado definitivamente. Hasta que ese reglamento se publique en el Boletín Oficial del Estado (BOE), no empezarán a correr los plazos de 12 meses (para empresas con facturación anual superior a ocho millones de euros) y 24 meses (para el resto) para implantar la factura electrónica obligatoria en las relaciones B2B.
- A día de hoy, por tanto, la factura electrónica B2B está anunciada y parcialmente regulada, pero su calendario concreto depende de ese desarrollo reglamentario.
b.- Sistemas Informáticos de Facturación (SIF) y VERI*FACTU (Ley 11/2021 y Real Decreto 1007/2023).
- La Ley 11/2021, de medidas de prevención y lucha contra el fraude fiscal, modificó la Ley General Tributaria para exigir que los sistemas informáticos de facturación garanticen la integridad, conservación, accesibilidad, legibilidad, trazabilidad e inalterabilidad de los registros de facturación.
- El Real Decreto 1007/2023 aprueba el Reglamento de Sistemas Informáticos de Facturación (RRSIF), conocido como “Reglamento VERI*FACTU”, que desarrolla técnicamente estas exigencias.
- Este reglamento afecta a todos los contribuyentes que desarrollen actividades económicas (sociedades, autónomos, entidades en atribución de rentas) que utilicen programas informáticos para expedir facturas.
Fechas clave del Reglamento de SIF/ VERI*FACTU para fisioterapeutas:
- 1 de enero de 2026: las sociedades (clínicas constituidas como S.L., S.A., etc., sujetas al Impuesto sobre Sociedades) deberán tener ya operativos sistemas de facturación adaptados al Reglamento.
- 1 de julio de 2026: el resto de los contribuyentes que desarrollen actividades económicas (autónomos, comunidades de bienes, sociedades civiles no sujetas a IS, etc.) deberán utilizar sistemas informáticos de facturación adaptados.
- Los desarrolladores y comercializadores de software tienen plazos más cortos para ofrecer productos adaptados, de modo que, en la práctica, cualquier solución que se contrate o renueve desde 2025 debería estar ya preparada para el nuevo marco.
¿A quién afecta en Fisioterapia?
En el ámbito de la Fisioterapia, la normativa impacta en:
- Fisioterapeutas autónomos (IRPF): profesionales que ejercen por cuenta propia, con consulta propia o a domicilio, que emiten facturas a pacientes, mutuas, aseguradoras o empresas.
- Clínicas de Fisioterapia constituidas como sociedades (S.L., cooperativas, etc.): que tributan en el Impuesto sobre Sociedades (IS) y gestionan la facturación de uno o varios profesionales.
- Entidades en atribución de rentas (CB, SC): pequeños centros o consultas compartidas que, aunque tributen en IRPF, deben cumplir igualmente con las obligaciones técnicas de los sistemas de facturación.
Es importante distinguir:
- Operaciones B2B (empresa/profesional contra empresa/profesional): por ejemplo, facturación a mutuas, aseguradoras, centros deportivos, empresas que contratan servicios de Fisioterapia para sus empleados, etc. Aquí es donde se implantará la factura electrónica obligatoria con base en la Ley Crea y Crece.
- Operaciones B2C (profesional contra particular/paciente): la relación típica “fisioterapeuta-paciente”. Por ahora, la factura electrónica obligatoria no se exige en estas operaciones, aunque sí habrá que cumplir las obligaciones técnicas del Reglamento de SIF/VERI*FACTU en cuanto al programa utilizado.
Qué es la factura electrónica obligatoria
La factura electrónica obligatoria entre empresarios y profesionales es la factura expedida y recibida en formato electrónico que documenta operaciones comerciales entre empresas y profesionales (B2B).
Características esenciales:
- Se expide mediante un programa de facturación o una plataforma certificada que cumpla el Reglamento Técnico de la Ley Crea y Crece.
- Debe incluir un contenido mínimo (identificación de emisor y receptor, descripción del servicio, base, impuestos, importe total, fechas, etc.) y cumplir con formatos electrónicos estandarizados.
- El destinatario debe poder acceder a la factura durante al menos cuatro años, para su lectura, descarga o copia.
- La obligación se centra en las relaciones B2B. Las relaciones con consumidores finales (pacientes particulares) no se incluyen en el ámbito de la factura electrónica obligatoria, al menos en el esquema vigente.
En el momento de redactar este documento (noviembre de 2025) el Reglamento Técnico de Factura Electrónica B2B aún no ha entrado en vigor, por lo que los plazos concretos de aplicación (12 meses para grandes empresas y 24 meses para el resto) empezarán a contar cuando se apruebe dicho reglamento.
Qué es un Sistema Informático de Facturación y qué es VERI*FACTU
El Reglamento de Sistemas Informáticos de Facturación define como sistema informático de facturación el conjunto de hardware y software utilizado para expedir facturas, conservar la información de facturación y procesarla para generar resultados derivados (informes, libros registro, etc.).
En este contexto, el término “VERI*FACTU” se utiliza coloquialmente para referirse al propio Reglamento y, en sentido estricto, a los “sistemas de emisión de facturas verificables”; es decir, a aquellos programas que, además de cumplir todos los requisitos técnicos del reglamento, remiten automáticamente los registros de facturación a la Agencia Tributaria.
Modalidades:
- Modalidad no VERI*FACTU: el programa genera y guarda internamente un registro de facturación por cada factura emitida (y, en su caso, de anulación o rectificación), pero no los envía de forma automática a la AEAT. El contribuyente debe conservar esos registros y ponerlos a disposición de Hacienda cuando esta los requiera.
- Modalidad VERI*FACTU: el programa, además de generar y guardar el registro de facturación, remite de forma automática y continuada dichos registros a la AEAT en el momento de expedición. En este caso, las facturas pueden incluir la leyenda “Factura verificable en la sede electrónica de la AEAT” o “VERI*FACTU”.
La AEAT está poniendo a disposición de los contribuyentes una aplicación gratuita de facturación en modalidad VERI*FACTU, pensada para quienes emiten un número reducido de facturas al año. No obstante, los centros de Fisioterapia pueden optar por soluciones privadas integradas con su gestión clínica.
Requisitos técnicos clave del software de facturación
Los programas de facturación utilizados por fisioterapeutas y clínicas deberán cumplir, entre otros, los siguientes requisitos:
1.- Integridad e inalterabilidad de los registros
- Cada factura debe generar un registro de facturación (de alta) que no pueda ser modificado ni borrado sin dejar rastro.
- Si es necesario corregir una factura, deberá hacerse mediante un registro posterior (rectificativa o anulación), manteniendo siempre el registro original.
2.- Trazabilidad y encadenamiento
- Los registros deben estar encadenados de forma que se pueda seguir la secuencia desde el primer registro hasta el último, detectando saltos u omisiones.
- El sistema incorporará mecanismos (hash, firma, etc.) que aseguren la autenticidad y el orden.
3.- Código QR y leyenda en la factura
- Las facturas emitidas con sistemas informáticos sujetos al Reglamento deben incluir un código QR que permita al receptor comunicar datos de la factura a la AEAT.
- Solo cuando el sistema opere en modalidad VERI*FACTU (envío de todos los registros a Hacienda) la factura podrá incluir la leyenda “Factura verificable en la sede electrónica de la AEAT” o “VERI*FACTU”.
4.- Registro de eventos
- El programa debe mantener un registro de eventos (log) donde se recojan determinadas operaciones internas: instalaciones, actualizaciones, cambios de configuración, errores relevantes, etc.
- Ese registro debe conservarse durante el periodo de prescripción de las obligaciones tributarias.
5.- Capacidad de remisión a la AEAT
- El sistema debe estar técnicamente preparado para remitir todos los registros de facturación a la AEAT por medios telemáticos, aunque el contribuyente opte por no hacerlo de forma ordinaria (modalidad no VERI*FACTU).
- En modalidad VERI*FACTU, la remisión será automática, continuada e inmediata.
Factura electrónica vs. VERI*FACTU: qué se cruzará en la práctica
Es muy importante no confundir ambos conceptos:
- La factura electrónica obligatoria (Ley Crea y Crece) regula el formato y el canal de emisión y recepción de las facturas en las operaciones B2B.
- El sistema VERI*FACTU (Reglamento de SIF) regula cómo deben funcionar los programas informáticos que generan esas facturas (electrónicas o en papel), garantizando que los registros son íntegros, trazables e inalterables y, en su caso, que se remiten a la AEAT.
En términos prácticos para un fisioterapeuta:
- A corto plazo (2025-2026) la prioridad es usar un programa de facturación adaptado al Reglamento de SIF/VERI*FACTU.
- A medio plazo, cuando entre en vigor el Reglamento de Factura Electrónica de la Ley Crea y Crece, ese mismo programa deberá ser capaz de emitir facturas electrónicas B2B en los formatos y canales exigidos.
Cuestiones específicas del sector de la Fisioterapia
1.- Exención de IVA en la mayoría de tratamientos
La Fisioterapia prestada por profesionales colegiados en el ámbito sanitario suele estar exenta de IVA cuando tiene finalidad terapéutica. Esta exención tiene consecuencias importantes a efectos de repercusión del impuesto, pero no exonera de cumplir las obligaciones formales de facturación ni las nuevas exigencias sobre software.
2.- Pacientes particulares vs. aseguradoras y empresas
- Pacientes particulares: se trata de operaciones B2C, en las que, en principio, no resultará exigible la factura electrónica obligatoria, aunque sí deberá emitirse factura (o, en su caso, factura simplificada) cuando proceda y llevar un registro íntegro de la facturación.
- Aseguradoras, mutuas y empresas: son operaciones B2B. Cuando se apruebe el reglamento de desarrollo de la Ley Crea y Crece, estas operaciones estarán dentro del ámbito de la factura electrónica obligatoria.
3.- Datos de salud y protección de datos
El sistema de facturación no debe incorporar más datos clínicos de los estrictamente necesarios. Normalmente, bastará con identificar al paciente, describir el servicio (sesión de fisioterapia, bono de X sesiones, informe funcional, etc.) y los importes. La historia clínica debe permanecer en el programa sanitario, no en la factura.
Guía práctica para fisioterapeutas autónomos
Si trabajas como fisioterapeuta autónomo, estos son los pasos recomendables:
1.- Revisar tu sistema actual de facturación
- Si usas Word, Excel o talonarios de facturas en papel, no estás cumpliendo el nuevo modelo de sistemas informáticos de facturación y tendrás que migrar a un programa adaptado.
- Si ya utilizas un software de facturación o un programa de gestión sanitaria con módulo de facturación, contacta con tu proveedor y pide por escrito:
- Si el programa está adaptado al Reglamento de SIF/VERI*FACTU.
- Si generará los registros de facturación exigidos (alta, anulación, registro de eventos, etc.).
- Si incorpora código QR en las facturas y, en su caso, la leyenda de “Factura verificable…” cuando opere en modalidad VERI*FACTU.
2.- Elegir modalidad VERI*FACTU o no VERI*FACTU
- Modalidad VERI*FACTU: tus registros de facturación se enviarán automáticamente a la AEAT. Como ventaja, podrás apoyarte en mayor medida en los libros de registro preconfigurados por Hacienda y contar con más servicios de asistencia.
- Modalidad no VERI*FACTU: el programa generará los registros, pero no se remitirán de forma automática; tendrás que conservarlos y aportarlos cuando se te requiera.
- Para un fisioterapeuta con un volumen reducido y sencillo de facturas, puede ser interesante valorar la aplicación gratuita de VERI*FACTU de la AEAT; para quien ya tiene un programa sanitario completo, será más lógico que el proveedor adapte el módulo de facturación.
3.- Organizar la numeración y el archivo
- Define una serie de numeración clara y correlativa (por ejemplo, FIS-2025-0001, FIS-2025-0002…).
- Evita saltos de numeración injustificados.
- Conserva copias de las facturas en formato electrónico (PDF y registros del programa) durante el plazo mínimo de prescripción.
4.- Prepararte para la factura electrónica B2B
Aunque la obligación B2B no es todavía efectiva, conviene anticiparse:
- Verifica que el software que utilizas permitirá emitir factura electrónica en los formatos exigidos cuando el reglamento de la Ley Crea y Crece entre en vigor.
- Si trabajas con aseguradoras o mutuas que ya admiten o exigen factura electrónica, coordínate con ellas para adaptar formatos y canales.
Guía práctica para clínicas de Fisioterapia (sociedades)
En el caso de centros de Fisioterapia constituidos como sociedades (normalmente S.L.), la adaptación tiene una dimensión organizativa mayor:
1.- Sistema centralizado de facturación
- Es recomendable un único sistema que integre citas, historia clínica, facturación y cobros.
- El software debe permitir distinguir facturación por profesional, por aseguradora y por tipo de servicio, y generar informes para contabilidad y para la asesoría.
2.- Definición de roles y permisos
- Determina quién puede emitir facturas, quién puede anularlas o rectificarlas, quién puede acceder a los listados completos y quién se encargará del cierre mensual y del archivo.
- Limita técnicamente perfiles y accesos para evitar manipulaciones internas no autorizadas.
3.- Integración con el asesor fiscal y la contabilidad
- Asegúrate de que el sistema permite exportar la información de facturación en formatos estándar (por ejemplo, ficheros que puedan cargarse en el programa contable del despacho).
- Valora con tu asesor si, además, conviene utilizar la modalidad VERI*FACTU para facilitar futuras comprobaciones y servicios de ayuda de la AEAT.
4.- Gestión con aseguradoras y mutuas
- Muchas aseguradoras disponen de plataformas propias de facturación o intercambio de información.
- Comprueba que tu software puede generar los ficheros o facturas en el formato que te exija cada entidad, y que no duplicas trabajo (una cosa es el envío a la aseguradora, otra la obligación de registrar la factura correctamente en tu sistema VERI*FACTU).
Cinco preguntas frecuentes para fisioterapeutas
“Si estoy exento de IVA, ¿me libro de VERI*FACTU?”
No. La exención de IVA no exime de las obligaciones sobre sistemas informáticos de facturación. Si desarrollas una actividad económica, estás dentro del ámbito del Reglamento.
“¿Puedo seguir usando Excel o plantillas en Word?”
No como sistema principal de facturación. Estos formatos no cumplen por sí solos las exigencias de integridad, trazabilidad e inalterabilidad y no generan los registros de facturación exigidos. Puedes usarlos como apoyo o para listados internos, pero la expedición de facturas debe hacerse desde un sistema adaptado.
“¿Tengo que enviar todas mis facturas a Hacienda en tiempo real?”
No necesariamente. El envío en tiempo real (modalidad VERI*FACTU) es voluntario; lo obligatorio es que tu sistema sea capaz de hacerlo y que cumpla los requisitos de integridad y trazabilidad. Si no optas por VERI*FACTU, debes conservar los registros de facturación y aportarlos si la AEAT los solicita.
“¿Hay sanciones por no adaptar el software?”
Sí. La Ley Antifraude prohíbe expresamente el uso de software de doble uso (que permite ocultar ventas o alterar registros) y establece sanciones importantes tanto para fabricantes como para usuarios. Además, el incumplimiento de las obligaciones del Reglamento de SIF puede considerarse infracción tributaria con sanciones económicas.
“¿Qué pasa con las facturas a la Administración Pública?”
Hace años que las facturas deben emitirse en formato electrónico a la Administración Pública (Facturae, FACe, etc.). La implantación de VERI*FACTU y de la factura electrónica B2B vendrá a homogeneizar las obligaciones en el conjunto de la actividad.
Checklist de implantación para fisioterapeutas y clínicas
Para cerrar, un esquema práctico de comprobación:
1.- Situación actual
- ¿Qué sistema utilizo ahora para facturar? (papel, Excel/Word, programa de facturación, software sanitario…).
- ¿Genera facturas con numeración correlativa y archivo ordenado?
2.- Software
- ¿Mi proveedor me ha confirmado por escrito que el programa está adaptado al reglamento de SIF/VERI*FACTU?
- ¿Puede generar el código QR en las facturas?
- ¿Dispone de registro de eventos y de registros de alta y anulación de facturas?
3.- Modalidad
- ¿Voy a trabajar en modalidad VERI*FACTU (envío automático a la AEAT) o no VERI*FACTU?
- ¿Me interesa la aplicación gratuita de la AEAT o prefiero un software integrado en mi gestión clínica?
4.- Organización interna
- ¿Tengo claros los roles de emisión, revisión y archivo de facturas?
- ¿He informado al equipo administrativo de los cambios?
5.- Preparación para la factura electrónica B2B
- ¿He verificado que mi software podrá emitir factura electrónica cuando la Ley Crea y Crece sea plenamente aplicable en las relaciones B2B?
- ¿Tengo identificados los clientes B2B (aseguradoras, empresas, centros deportivos, etc.) con los que será imprescindible trabajar en factura electrónica?
Enlaces de interés
- Agencia Tributaria – Sistemas Informáticos de Facturación (SIF) y VERI*FACTU: disponible en la sede electrónica de la AEAT.
- Real Decreto 1007/2023, de 5 de diciembre, Reglamento que establece los requisitos de los sistemas informáticos de facturación.
- Ley 11/2021, de medidas de prevención y lucha contra el fraude fiscal.
- Ley 18/2022, de creación y crecimiento de empresas (Ley Crea y Crece).
- Información divulgativa actualizada sobre factura electrónica y VERI*FACTU en portales especializados y en la propia AEAT.
